Rå honung är en potent prebiotika som näringsförsörjer goda bakterier i tarmen, vilket underlättar matsmältningen. Honung innehåller sockerarter, så kallade oligosackarider, som inte kan absorberas av matsmältningskanalen. Istället passerar dessa oligosackarider till tjocktarmen där de kan jäsa. Detta resulterar i fettsyror med korta kedjor som hjälper till att öka antalet bifidobakteriestammar, vilka hjälper till att bryta ned kostfibrer, förebygga tarminfektioner och producera essentiella vitaminer.
Honung har potential att förbättra tarmmikrobiomet och minska spridningen av skadliga bakterier samtidigt som tillväxten av nödvändiga tarmbakterier främjas. Tarmhälsa vet man påverkar den övergripande hälsan. I nya studier har man kunnat se att tarmens mikrobiom påverkar kognition, metabolism, viktreglering och till och med mental hälsa.